Das Projekt Einbindung Knoten Halle wird seit Beginn der Planungsphase umfassend ökologisch betreut. Im Zuge der Erstellung der Planfeststellungsunterlagen wurden flächendeckende Biotopkartierungen durchgeführt. Diese waren Grundlage für die Erstellung einer Umweltverträglichkeitsstudie (UVS) und eines Landschaftspflegerischen Begleitplans (LBP). Darin sind sämtliche Schutzziele und Kompensationsmaßnahmen festgeschrieben. Deren Umsetzung wird während der Bauphase durch eine ökologische Bauüberwachung sichergestellt.

Der Ausbau einer Eisenbahnstrecke ist mit Eingriffen in die Natur und in das Landschaftsbild verbunden. Diese werden jedoch nach einem detaillierten landschaftspflegerischen Konzept gemindert oder ausgeglichen. Vor dem eigentlichen Baubeginn werden Eidechsen abgesammelt und in vorbereitete geeignete Biotope umgesiedelt.